Будучи проявлением энтузиазма и приверженности народов ряда стран к принципам и идеалам ЮНЕСКО, движение клубов ЮНЕСКО возникло спонтанно, сразу после создания ЮНЕСКО. Именно об этом свидетельствует пример Японии.  Клубы стали зарождаться среди руин сразу после окончания войны даже до того, как эта сама Япония стала официальным государством-членом ЮНЕСКО: первый клуб ЮНЕСКО был создан в Сендаи 9 июля 1947 г. на базе местного Сендайского университета, а затем 18 сентября того же года возник Клуб в Киото. В декабре 1947 г. в Соединенных Штатах Америки была создана «Группа ЮНЕСКО» при «Стил Сентре» в Денвере (Колорадо).

В 1947 году по инициативе первого Генерального директора ЮНЕСКО Джулиана Хаксли государства-члены, международные и национальные молодежные организации получили меморандум с предложениями для клубов по международным отношениям. В документе клубам предлагались мероприятия, которые они могут самостоятельно организовать с целью укрепления взаимопонимания между народами. Например: знакомство с людьми других стран, осуществление международной переписки и обмена изучение других стран; организация выставки или серии выставок о других странах; получение знаний об ООН и ее вспомогательных органах; проведение занятий на важные международные темы; воспроизведение работы сессий международной организации; празднования дней международного значения; помощь жертвам войны в своих странах и др.

В конце того же года ЮНЕСКО опубликовала брошюру для Клубов по международным отношениям и аналогичных объединений в школах, молодежных организациях, колледжах и университетах. Она предназначалась главным образом для молодых людей в странах, где еще не было подобных клубов. В данной брошюре содержалось важное обращение для молодых людей: Не ждите кого-либо, не думайте, что то, что вы делаете не имеет значения. Начните действовать прямо сейчас!

4 ноября 1949 г., когда уже существовало более сотни объединений «Групп друзей ЮНЕСКО» в Японии, США и Франции. Генеральный директор ЮНЕСКО господин Хайме Торрес Бодет в ходе доклада, с которым он выступил в Международном центре педагогических исследований в Севре (Франция) в связи с празднованием третьей годовщины основания ЮНЕСКО, обратился с призывом о создании клубов ЮНЕСКО в школах и университетах. Именно этот призыв стал для государств-членов ЮНЕСКО толчком для поддержки движения клубов ЮНЕСКО.

Вследствие этого призыва движение клубов ЮНЕСКО постепенно распространялось во всем мире, и в 1992 г. насчитывалось более 3 800 Клубов, расположенных в более чем 100 странах: Европа, Азия, Северная и Южная Америка, Африка и Австралия, и их количество беспрестанно увеличивается.

Первый Всемирный конгресс клубов, прошел в штаб-квартире ЮНЕСКО в апреле 1978 г. Конгресс единогласно утвердил решение о создании единой международной организации, объединяющей клубы ЮНЕСКО в различных государствах.

Всемирная Федерация – международная неправительственная организация,   официально утвержденная в июле 1981 г. после окончания работы второго Всемирного конгресса клубов ЮНЕСКО. Всемирная Федерация представляет движение ассоциаций, центров и клубов ЮНЕСКО во всем мире и ведет работу в сфере компетенции ЮНЕСКО.